Можешь воспользоваться этим
:
Silent3Ditor Configurator (S3D-CFG)
После установки выбрав в окне программы "Install SH5 configuration" сможешь открывать контроллеры конфиг-файлов SH5 юнитов в S3D.
Поведение лодки на волнах(c) - Если я правильно понял: можешь покрутить значения в *sim файле: unit_Submarine->unit_Ship->obj_Hydro
также см.лс.