OBさんはじめまして。
自分が分る範囲ですが、
１．
対潜防材？は、SH3ではpatchで、anti-subnet（防潜網）と、mine（機雷）が追加されました。
ただし、キャリアモードのみの追加のため、標準のシングルミッションには入っていません。（エディタでは追 加可能）
また、機雷は接触すると、ほぼ即死。網は艦が停止し、海上に乗り上げたり、少なくとも多少のダメージは喰ら います。
以上より、対潜防材ではなかったと思われます。
その他、沈没船・海底など、いずれの場合も、軽くても必ずダメージはあります。
したがって、接触は考えにくいと思います。
２．
サウンドドライバ
この可能性が一番高いと思います。
ドライバは、最新ドライバが最良とは限りません。
旧も含めて、いろいろ試してみるのがいいと思います。
自分も以前、別のソフトで突然「ブー」音が鳴ったりしました。（C-Media製）
その時はドライバいろいろ変えてもダメで、結局１０００円くらいの安物カードに変えたら直りま した。
本人の事情もあり、C-Media製を否定するつもりもありませんが、結構安物のカードの方が、互換性高いことも多いです。（高級 品は独自性を出したがる傾向にあるらしい）
３．
ソフトのバグの可能性も否定できませんが、なんとも言えません。
全然回答になっていませんが、参考になれば幸いです。